Чтобы разобраться и управлять каждой конкретной CMS, понять основные принципы работы с ней и увидеть результат уходит время. Создав сайт на основе любой системы управления сайтом вы получите результат, и хоть он будет хорош, но очень похож на сотни тысяч других.
Бывает, что функциональность системы недостаточна, либо не хватает какой-либо функции, либо она не совсем такая, как нужно. В этом случае придется поработать над изменением программного кода системы, на что опять таки уходит время.
Для простых, незамысловатых сайтов большое количество функций CMS тормозит работу и занимает больше места на хостинге. К тому же, в последнее время CMS стали настолько распространенными, что появляются проблемы с безопасностью и есть риск, что сайт взломают.
Практически каждая развитая система управления сайтом обладает избытком функций. Их создают с расчетом на новые расширения и доработки, хотя большинство пользователей при создании сайта не использует и половины всего, что там есть.
Создавая сайт с помощью CMS на файлах, есть возможность столкнуться с проблемой невозможности одновременного доступа и распределения ролей в иерархии. Чтоб и редактор, и модератор, и админ могли одновременно управлять сайтом.