Первый деревянный храм на улице Штатная Горка появился предположительно в 1687 году. Основоположником храма принято считается Илью Озакова, который владел тогда еще подмосковным поселком Черкизовым.
Имя архитектора и главного строителя до наших дней не дошли. В 1689-1690 годах церковь была перестроена и стала каменной. Были пристроены трапезная, звонница и придел Святителя Алексия. Освященным храм стал 18 июня 1690 года. Еще, как минимум, два раза храм в честь Ильи Пророка был реконструирован в 19 веке. После первой перестройки храм стал пятиглавым, но это продлилось всего 4 года. Более основательная и глубокая реконструкция была проведена по инициативе отца Павла и профинансирована известным купцом Александром Зеленевым в конце 19 века. План поэтапной реконструкции храма и строительства колокольни рядом с ним по проекту малоизвестного архитектора Егорова был принят государством и паствой в 1888 году. По завершению всех работ в 1890 году, храм был заново освящен и принимает всех желающих до наших дней. На кладбище, которое находится на территории храма похоронен Иван Яковлевич Корейша, которого упомянули в своих произведениях Достоевский и Лесков.
